Malinalco cuenta con dos tipos de flora en las TIERRAS ALTAS contamos con Bosque Mixto (Pino – Encino) y Bosque de Pino. Y en las TIERRAS BAJAS con bosques de Caducifolia y Vegetación Secundaria.
El total de flora fanerogámica que posee se calcula en forma aproximada en 220 familias, 2410 géneros y 22000 especies de plantas distribuidas en al menos diez tipos de vegetación, pertenecientes a dos grandes reinos florísticos .
Dentro de la variedad de Arboles contamos con los siguientes:
- En los Canales de riego y Manantiales hay: Ahíles, Sauces y Ahuehuetes.
- En las zonas secas: Guaje, Tepehuaje, Huajillo, Timbre, Palo Dulce.
- Y en la Huertas: Aguacate, Níspero, Cítrico, Ciruelos, Zapote, Plátano, Café.
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